§ 55 zákona č. 184/2002 Z. z.: Ministerstvo

vykonáva štátnu vodnú správu podľa tohto zákona a riadi jej výkon,

zabezpečuje zisťovanie výskytu a hodnotenie stavu povrchových vôd a podzemných vôd ( § 4 ),

vypracúva plán opatrení a časový rozvrh ich realizácie na účely zlepšenia kvality povrchových vôd určených na odber pre pitnú vodu ( § 6 ods. 5 ),

zabezpečuje identifikáciu vodných útvarov vôd na kúpanie ( § 7 ods. 2 ),

zabezpečuje vypracovanie hydroekologických plánov povodí ( § 11 ods. 2 ),

vypracúva v spolupráci s ministerstvom pôdohospodárstva a predkladá vláde návrh generelu ochrany a racionálneho využívania vôd ( § 11 ods. 4 ),

vydáva vyjadrenie k investičnej činnosti, ktorá môže významným spôsobom ovplyvniť nakladanie s vodami, ochranu vôd a vodných pomerov ( § 24 ods. 1 ),

pravidelne prehodnocuje rozsah vyhlásených citlivých oblastí ( § 29 ods. 3 ),

pravidelne prehodnocuje rozsah vymedzených zraniteľných oblastí ( § 30 ods. 3 ),

zabezpečuje vypracovanie, schvaľovanie, aktualizáciu a plnenie programu monitorovania [ § 4 ods. 3 písm. d) ],

vypracúva program znižovania znečisťovania vôd škodlivými látkami a obzvlášť škodlivými látkami obsiahnutými v odpadových vodách a nebezpečnými látkami do 31. decembra 2003 a aktualizuje ho najmenej každých šesť rokov; tento program schvaľuje vláda ( § 36 ods. 1 ),

vykonáva hlavný štátny vodoochranný dozor ( § 63 ).